در مورد محل دفن سر مطهر سید الشهدا پنج قول است :
1- سر مقدس حضرت ابی عبدالله را یزید برای عمرو بن سعد به مدینه فرستاد و در بقیع نزد مادرش حضرت فاطمه دفن نمود .
2- آن سر مقدس را سه روز در خزینه بنی امیه گذرادند تا زمان خلافت سلیمان بن عبدالملک بن مروان سپس وی آن سر مطهر را در باب قرادیس شام دفن نمود .
3- قول دیگر این است که سرهای دیگر شهدا را در قبرستان شامدفن نمدند . که فعلا نیز در قبرستان شامقبه عالیه ای است که منسوب به رووس شهدا کربلا است و دوستان اهل بیت عصمت و طهارت در آنجا به زیارت این سرها ی مطهر می روند .
4- حضرت امام سجاد علیه السلام آن سر مطهر را از شام به کربلا آوردو به بدن شریف آن حضرت ملحق نمود که این قول مشهور بین علمای شسعه است .
در مورد سر مطهر سایر شهدا کربلا نیز می گویند امام سجاد علیه السلام جمیع سرهای آنها را از یزید گرفت و در کربلا به بدنها آنها ملحق کرد .
5- سرمطهر سید الشهدا را در بالای سر پدرش امیر المومنین در نجف اشرف دفن کردند . لذا زیارتآن آن سرمبارک در بالای سر حضرت علی علیه السلام مستحب است .
قول چهارم و چنجم از احتمال قوی تری برخورد دار است .